Op hun paradijselijke eiland in de Handwerkzee maken de Yoshi's plezier zoals altijd, totdat de pret ruw wordt verstoord door de gemene tovenaar Kamek! De schurk gebruikt zijn toverkracht om de meeste Yoshi's in bolletjes wol te veranderen. De resterende Yoshi's bundelen hun krachten en gaan op pad om hun vrienden te redden!